Ummm…..whoa….I’m just going to leave this here. This is far too large of a resource for me to tackle on a Sunday morning.
Here is an overview and a lot of links to/around/about the study — including an query-able — SQL database in case you’re not sure where to put 4,000 Fusion RAW files….
Correction: It’s only 500 or so files. Multiplexin’
And here is a short paper about it….
O clima esta tenso no conjunto de comunidades do Caju (TCP) na zona portu�ria, na zona norte do Rio de Janeiro.
Tudo por conta de uma troca de tiros entre os traficantes do Caju contra o Bope, resultando na morte do sargento do Bope que, foi socorrido para o Hospital da Policia mas n�o resistiu aos ferimentos.
O confronto foi na comunidade S�o Sebasti�o, dentro do Complexo do Caju.
Por causa dessa fatalidade dentro do Bope, o clima ficou tenso dentro da comunidade, porque os moradores tem ci�ncia que a policia vai cerca a comunidade para achar os autores desse crime.
Por outro lado, a lideran�a do Caju obviamente foi se esconder dentro do Complexo da Mar�, o Quartel General do Terceiro Comando Puro nos �ltimos tempos.
Como tem muito ronca solto do TCP dentro da Mar�, se “tampar” opera��o por l� por causa dessa morte, ser�o obrigado a pedir que os oriundos do Caju se retirem da comunidade, assim como fizeram com o Bonde do 3N que se escondiam na Vila do Jo�o ap�s pular do CV.
Vamos aguardar.
Mais um epis�dio entre o Comando Vermelho e Terceiro Comando Puro no bairro de Barros Filho na zona norte do Rio de Janeiro.
Dessa vez, os traficantes do Chaves e Eternit (CV) foram at� a Esta��o de Trem em Barros Filho para colocar boca de fumo da fac��o.
Entretanto, por l� ainda era territ�rio do TCP que domina o Bairro 13.
Como o CV j� enxergou que o TCP de l� esta fraco em armamento e n�o tem apoio total do Complexo da Pedreira, insistiram em ampliar as bocas at� a Joana D’arc e divisa com Bairro 13.
Por enquanto apenas houve uma troca de tiros.
Vamos aguardar.
This new study in press at JPR is critically important for shotgun proteomics and smarter people than me (which means just about everyone) should really take a good look at this and 1) verify it is as good as it looks and 2) see about integrating the source code or primary logic into all sorts of other tools. (An earlier draft was also made available through biorXIV.)
Okay — so — shotgun proteomics is really really good at one thing — making
Peptide
Spectral
Match(es) — (PSM)s.
And if we’re working with the best proteins in the whole entire world then each and every one of those PSMs is unique to 1 particular protein and when we identify that PSM and quantify it in a sample we have proven that particular protein is there and we can even get quantification estimates / measurements on that one protein from that one PSM. (I need a word count on sentences).
However — from an evolutionary perspective it doesn’t make a ton of sense for each protein to have developed in isolation with no relation to any other protein. So…a lot of PSMs could be derived from more than one protein. And if you only identify PSMs that could originate in more than one protein, what do you do?
You INFER the protein identity.
How do you do that?
Well — probably by a set of mostly arbitrary rules that were chosen because….we had to do something…and it’s a great idea if we keep them to ourselves…because they don’t reflect well on us or our field.
The best one? When you’ve got equal evidence, it’s probably the biggest protein in your FASTA database….(some tools use the highest percent coverage, but then you’ll get all weirded out because if UniProt contains your full length variant and 4 alternative “fragment of” protein sequences you’ll only ever see the fragments and then you’ll be afraid your lysis method broke off all your C-termini…which…you can’t rule out….see…it doesn’t sound great when you say it out loud. I hate explaining it when I can tell people are paying attention. I go ahead and get the idea of a “razor” peptide out of the way next, because it’s better to get two things that damage your credibility out of the way at the same time and then you can spend the rest of your talk or lecture trying to gain it back.
I’m oversimplifying a complex and varied environment of protein informatics software here. It isn’t all this way. From the paper:
“Some methods tackle this problem by either ignoring shared peptides (Percolator 7,8), employing maximum parsimony principles and finding a minimal set of proteins explaining found peptides or PSMs (PIA4 ), iteratively distributing its evidence among all parents (ProteinProphet 9 ) or incorporating the evidence in a fully probabilistic manner (Fido 10, MSBayesPro11, MIPGEM12)”
The best way to do this? An exhaustive recent analysis showed on the iPRG 2016 (the big ABRF study that comes up a lot) that the full probabilistic models are the way to go. More statistics, FTW!
However — I’ve only used Fido, but it required a whole lot more processing time/power than even Percolating a large dataset. And this study suggests it’s not just Fido…it’s a brute force approach that, in the end, may not be realistic.
EPIFANY uses some fancy statistics to achieve the same (better?) inference results, but use alternative logic (something about loopy beliefs) that massively reduce the data processing load.
Full disclaimer — I’m still trying to figure out how to use it because it runs in KNIME and I might be too dumb for it. I just found this cool KNIME cheatsheet thing — with this and the full pipeline and all data available here I’m hoping to work my way through it. [Hooooly cow. You can run it from command line….how did I miss that!?!? ]
However — the evidence here is solid that this is a better way to infer protein identifications. The authors test it against multiple datasets including the iPRG and use all sorts of ways to infer the protein identities and EPIFANY is the best — or close enough — and finishes in a reasonable time.
And — look — even if it didn’t work any better at all, wouldn’t it be better for us to use the tools that at least tried to use intelligent statistics to infer our protein identities? Grant review boards are grumpy by design. We don’t need to give them excuses to fund more transcriptomics.
Segundo informa��es os traficantes do Comando Vermelho colocaram uma boca de fumo para rolar na comunidade da Eternit em Barros Filho, na zona norte do Rio de Janeiro.
Recentemente a fac��o retomou o Morro do Chaves, com a inten��o de invadir o Bairro 13, principal reduto dos rivais do Terceiro Comando Puro.
Entre o Bairro 13 e o Chaves, existem as comunidades da Joana D’arc e Eternit, e hoje praticamente est�o vazias.
Para afrontar mais ainda os traficantes do Bairro 13, colocaram uma boca de fumo dentro da Eternit, mesmo sabendo que o TCP estava no comando da comunidade.
O intrigante que nenhuma ala da fac��o move o “dedo” para ajudar os comparsas em Barros Filho.
Para piorar a situa��o do TCP, os chef�es do CV avisaram que v�o colocar na marra outra boca na Joana D’arc, e se baterem de frente, v�o colocar uma no Bairro 13.
Os bandidos de responsabilidade do “Bonde do Mdo”, n�o ficam mais em Barros Filho, e est�o escondidos no Final e Terra Nostra em Costa Barros, e nem querem saber de l�, porque n�o tem ajuda da fac��o.
Pra dar a tacada final, os chef�es do CV est�o convidando a ala do TCP em Barros Filho para pular sem ressentimentos, para evitar guerras na regi�o.
At� tentaram pedir ajuda para a ala da Parada de Lucas, mas n�o quiseram ajudar tamb�m.
Tanveer did an amazing job of cataloguing his favorite papers of 2019. He got a couple that would definitely have topped my list and several that I completely missed!
Click anywhere above this line to go to his blog to check it out.
Novamente um �udio circula nas redes sociais, mostrando o chef�o da Parada de Lucas (TCP), conhecido como Peix�o ou Ar�o, desenrolando com os rivais pelo r�dio.
N�o sabemos de qual �poca foi realizado esse contato, mas da para entender que algum insatisfeito na Penha entra em contato com o traficante conhecido como Dino.
Dino era do Comando Vermelho na Cidade Alta, mas pulou para o Terceiro Comando Puro ap�s a quadrilha do Peix�o tomar o local.
O pr�prio chef�o da Cidade Alta e Parada de Lucas desenrola com o rival da Penha, querendo saber a “pureza” dele para aceita-lo dentro da sua fac��o.
Ou�a o �udio e tire as conclus�es
Na noite desta quinta-feira os traficantes do Comando Vermelho aplicaram um baque no Conjunto Fumac� (TCP) em Realengo, na zona oeste do Rio de Janeiro.
Segundo informa��es, dois insatisfeitos do Fumac�, pulou para o Comando Vermelho e como prova de lealdade, tiveram que voltar para Realengo e baquear a comunidade.
Os moradores se assustaram com o tiroteio, porque faz tempo o Fumac� n�o se envolvia entre guerras de fac��es.
Ao cair da madrugada, um blindado foi visto circulando dentro da comunidade.
Blindado foi visto no Fumac� em Realengo. Papo que o CV de baque por l�. pic.twitter.com/UJlx9kyJRy� Informa��es dos Morros (@DosInformacoes) January 24, 2020
O bonde do Terceiro Comando Puro no ficou pouco tempo sob controle do Morro do Adeus em Bonsucesso, e j foram expulsos pelo Comando Vermelho.
Os invasores do Complexo da Mar, patrocinados pelos traficantes Cria e TH, no aguentaram mais de 1 dia tomando conta do Morro do Adeus.
Logo apareceram reforos do Comando Vermelho vindo da Grota e Nova Braslia no Complexo do Alemo, e retomaram o Adeus.
Montaram o permetro na regio, e esto esperando uma nova investida do TCP.
Mesmo ap�s invadiram a comunidade do Dick de Vilar em S�o Jo�o de Meriti, expulsando o Comando Vermelho para os morros pr�ximos, o TCP permaneceu na comunidade.
Segundo informa��es, o CV do Dick procurou apoio nas comunidades do Bonde da Parma na regi�o, entre o Amor, Gon�alves e Faiz�o.
O bonde do TCP que avan�ou para o territ�rio no Vilar, � o mesmo que esta expandindo em Belford Roxo e Gramacho, e agora est�o com planos em S�o Jo�o de Meriti.
O Cv deve esta negociando apoio dentro da fac��o para expulsar o TCP do Dick.
Vamos aguardar.
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