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Na madrugada de hoje, 04, um presidiário que estava em regime semiaberto foi encontrado com ferimentos graves em Quixadá. O caso ocorreu no Bairro Campo Velho. A informação é do Diário Sertão Central.

Conforme a Polícia Militar, uma ligação telefônica anônima informou que um homem, que não teve sua identificação revelada, estava caído na rua. Ao chegar ao local, a equipe constatou que a vítima apresentava lesões na cabeça.

Na ocasião, o Serviço de Atendimento Móvel de Urgência (Samu) foi acionado e constatou que o homem apresentava uma fratura exposta na mandíbula e um possível achatamento de crânio. A vítima foi socorrida à Unidade de Pronto Atendimento (UPA) da cidade.

No local onde o presidiário estava foi encontrada somente uma faca. A vítima não informou o motivo da agressão e quem a fez.

O homem responde pelos crimes por invasão de domicílio e resistência à prisão. Ele usava uma tornozeleira eletrônica.

Do Repórter Ceará

O concurso 2.213 pode pagar um prêmio de R$ 50 milhões para quem acertar as seis dezenas. O sorteio ocorre nesta quarta (4) em São Paulo (SP). A aposta mínima passa a custar R$ 4,50, conforme reajuste feito. O novo valor foi autorizado no final de outubro pelo Ministério da Economia. (Do G1-CE)

Leitores do Quixeramobim Agora encaminharam fotos da liberação para tráfego de veículos no novo trecho da entrada da cidade de Quixeramobim, mas, com uma ressalva: O número de caminhões estacionados na via.

Conforme o relato encaminhado ao blog, os caminhões estacionados prejudicam o já castigado trânsito no trecho e ainda mostra o medo dos moradores com a própria via, em razão do peso dos caminhões. Os moradores cobram uma ação rápida da Autarquia Municipal de Trânsito.

Now that a large number of little Orbitraps appear to be showing up all over that essentially have a “BoxCar button” (it’s a premade workflow) I think it’s worth talking about it again.

What’s BoxCar? 

It’s a method to improve Match Between Runs (MBR) using MS1 library matching. It improves the S/N of your MS1, but it does nothing to improve your MS/MS scans (they’re mostly just there for chromatographic alignment stuff for MaxQuant)

Will BoxCar help my results? 

Yes, but only if you are using MBR and are comfortable reporting IDs using MS1 library matches

How do I process BoxCar data? 

Your dd-MS2 events will trigger normally and those peptides will be ID’ed. However — if you aren’t using MaxQuant and MBR you will get substantially fewer identifications. If you don’t have an awesome library and MaxQuant and MBG — expect maybe 1/2 to 1/4 the number of identifications per file. With MaxQuant and MBR? On 2ug injections you can get numbers just as good as what is reported in the original paper. No joke. I’ve totally done it. 7-10k proteins in a single shot.

What happened to BoxFahrt? 

Oh…that…I’m dumb and forgot about making mutated versions of BoxCar.

NOT AT ALL. (I mean…I’m still dumb!)  BUT I’M STILL OBSESSED AND MAKING MUTATED BOXCARS ON EVERYTHING!

Disclaimer — you have to pick your application for this to be useful at all — but there are applications where I swear this totally works (more results and applications coming soon!)  Conor and I still write like Appalachian 4th graders, but since this workflow is SUPER EASY to set up on the Exploris we thought it would be helpful to the world to push this one up the queue and out the door.

The concept is super easy, right? BoxCar does multiple sweet BoxCar scans but that doesn’t help your MS/MS, cause you pick your MS/MS from the included MS1 scans. Your cycle time suuuuuucks.  In the original BoxCar paper there are 3 BoxCar MS1 and 1 regular full scan MS1. Even on an HF-X at 60k resolution you’re at 128ms transient per scan. That’s over 0.5 seconds per MS1. But the S/N on the MS1 is incredible. You can get clear isotope distributions on ions that you can’t even see in the MS1s.

Can you get the 10,000 protein ID’s in 100 minutes with MaxQuant and MBR on that data? Totally. (In my analysis of their data I get more like 8,800, but I think that’s my FASTA database and that I’ve never attended a MaxQuant summer school). And that’s amazing and I’d personally run this workflow all day. But what about the super low abundance stuff? Like when people come to you and say  “I cut the salivary glands out of this weird mosquito, please give me a proteome of the parasite that is living in it?”

The first thing I saw during my BoxCar obsession was that — holy cow — yes on this super low material, BoxCar’s boost in S/N is amazing. I can see SO MANY PEAKS, but I don’t have an MS1 library for this — or lots of low abundance weird things.

BoxCar
Assisted
MS
Fragmentation

….triggers the MS/MS off of the BoxCars….BOOM….

1) If you run it on something where you’ve got more than 20ng of material you’re going to think I’m more dumb than you already do (this number may be a lot lower on the Exploris — I think the vendor has been understating the sensitivity on this thing a little. The numbers I’m getting are ridiculous. So…maybe below 10ng of material? I don’t know yet, but hope to find out soon!)

2) Your cycle time still suuuuucks. Unless you do this on a Fusion and acquire your MS/MS scans in the ion trap. Then it sucks less.

How do you set it up? Starting methods for Fusion/Lumos are included in the supplemental. I’ll try to get one made up for the Eclipse — I haven’t been able to get my hands on one (if you have one and you’d like to see if I’m as strange in person as I appear on these pages [I sure hope not!] I would be happy to discuss a field trip! Unless your in Boston right now. Half meter of snow? Best of luck with that, yo.)

On the Exploris — you open the BoxCar method and then you add a ddMS2 to each msx-TSIM. That’s it. Since the Exploris already has the BoxCars worked out all you have to do is add your MS/MS events. When I get time I’ll work on titrating sample downwards, but in limited runs at higher injections it looks like the MS1 signal intensity and cycle time are better than the HF-X and Lumos.

Should go without saying? If you had to do a magic MS1 to see your ion you aren’t going to fragment it well with 14ms of fill time. You’ll need to crank that up. One mosquito’s salivary glands? 300ms MaxIT on the Fusion 1, so around 100ms on the Lumos. Also — there is a lot of junk in the noise. I’d recommend lowering your quad isolation to the lowest safe limit. 2.2Da on Fusion 1? 1.4Da/Th on Lumos? Something like that.

(Methods and RAW files, of course, are all available. I’m getting great at PRIDE uploads finally and I’ll get these up here for the real paper submission. I’ve got 2 computational proteomics workshops to teach and my 2019 commitments wrap up and I can budget more than 30 minutes per day for writing! This took 28???)

BoxCar ramble number 713 complete.

A Escola Estadual de Educação Profissional Dr. José Alves da Silveira abre a partir desta quinta-feira, 05, inscrições para o processo de seleção de alunos para 2020. O processo de seleção e ingresso é para alunos oriundos de escolas públicas e privadas. Além da grade curricular do Ensino Médio, a Escola oferece ainda Cursos Técnicos em Agronegócios, Edificações, Informática e Nutrição e Dietética.

Das vagas destinadas à composição das turmas de 1ª série do Ensino Médio integrado à Educação Profissional, 80% serão para estudantes oriundos da rede pública de ensino e 20% serão destinadas a estudantes oriundos de escolas particulares.

As inscrições ocorrerão no período de 05 a 10 de dezembro de 2019, das 8:00h às 11:30h e de 12:30 às 16:30, na Secretaria da Escola Estadual de Educação Profissional Dr. José Alves da Silveira, situada na Av. Humberto Sena, Nº 250, Bairro Edmílson Correia de Vasconcelos.

Veja o edital: CLIQUE AQUI

A Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa) aprovou regulamento para a fabricação, importação e comercialização de medicamentos derivados da Cannabis. Norma será publicada no Diário Oficial da União nos próximos dias e entrará em vigor 90 dias após a publicação.

A decisão foi tomada por unanimidade pela diretoria colegiada da agência reguladora. O parecer apresentado em reunião ordinária pública nesta terça-feira (3), em Brasília, está disponível na internet.

O medicamento só poderá ser comprado mediante prescrição médica. A comercialização ocorrerá exclusivamente em farmácias e drogarias sem manipulação. Conforme nota da Anvisa, “os folhetos informativos dos produtos à base de Cannabis deverão conter frases de advertência, tais como ‘O uso deste produto pode causar dependência física ou psíquica’ ou ‘Este produto é de uso individual, é proibido passá-lo para outra pessoa’”.

“Essa é uma excelente notícia, um avanço. Torna mais democrática a possibilidade de prescrição”, assinala o neurologista Daniel Campi, vice coordenador do Departamento de Dor da Academia Brasileira de Neurologia (ABN). Segundo ele, pacientes que conseguiam autorização de uso do medicamento estavam gastando mais de R$ 2,5 mil por mês.

Visão crítica
O especialista, no entanto, pondera que “é preciso ter visão mais crítica” sobre as potencialidades do medicamento. Segundo ele, “há um gap” entre a demanda pelo medicamento “para a melhora da qualidade de vida” e o conhecimento sobre em quais pacientes e circunstâncias produtos a base de Cannabis terão efeito.

“É como dizer que há um lugar fantástico na Floresta Amazônica, mas não dizer onde fica exatamente”, compara Daniel Campi ao defender que as universidades e centros de pesquisas deverão investigar mais os efeitos dos medicamentos.

Ele calcula que 70% da demanda antes da regulamentação da Cannabis para uso medicinal era para alivio de dor crônica (lombar e de cabeça). Também havia grande procura para casos de ansiedade e dificuldades de sono. A ABN prepara nota científica sobre fármacos à base de Cannabis.

A Associação Brasileira de Apoio Cannabis Esperança (Abrace) contabiliza centenas de pessoas que tiveram acesso ao medicamento para casos de epilepsia, autismo, mal de Alzheimer, mal de Parkinson e neuropatias. A entidade divulga nomes e contatos de mais de 150 médicos que já prescrevem medicamentos à base de Cannabis.

Projeto de Lei
A possibilidade de liberação da comercialização de produtos com Cannabis mereceu ao longo deste ano atenção constante do ministro da Cidadania, Osmar Terra, que é médico especializado em saúde perinatal e desenvolvimento do bebê, e faz restrições ao uso indiscriminado.

Na semana passada, em audiência pública na Câmara dos Deputados, Terra assinalou que “uma coisa é usar o canabidiol (…). Se ele faz efeito, tem que ter garantia do Ministério da Saúde para ser oferecido gratuitamente à população mais pobre com indicação médica, que realmente precisa. Agora, usar a desculpa do canabidiol para propor que se use a maconha livremente, nós não podemos deixar passar”.

Tramita na Câmara dos Deputados o Projeto de Lei nº 399/2015 que faculta a comercialização de medicamentos que contenham extratos, substratos ou partes da planta Cannabis sativa em sua formulação. Em seu perfil no Twitter, Osmar Terra declarou haver lobby empresarial em favor da liberação de medicamentos derivados da Cannabis. Ele também declarou ser contrário à regulação do plantio da Cannabis, já vetado hoje pela na Anvisa. O Conselho Federal de Medicina publicou nota em favor do posicionamento do ministro.

Para o clínico-geral Leonardo Borges, do Hospital das Clínicas e do Hospital Sírio-Libanês, em São Paulo, “a possibilidade de uso recreacional existe em outros medicamentos como os fármacos de sildenafil, previstos para homens com disfunção erétil, mas consumidos por homens sem problema nenhum”. O médico, que já prescreveu medicamento a base de Cannabis, assinala que a decisão da Anvisa foi tomada “após grande revisão da literatura sobre o medicamento”. (Da Agência Brasil)

O Congresso Nacional manteve, na noite de hoje (3), o veto presidencial à recriação da propaganda partidária semestral na televisão e no rádio. A votação ocorreu em sessão conjunta da Câmara e do Senado. O veto chegou a ser derrubado pelos deputados, mas foi mantido no Senado, por uma margem estreita.

Para ser derrubado, um veto precisa ter maioria absoluta em ambas as Casas – 41 votos no Senado e 257 votos na Câmara. Entre os deputados, foram 277 votos pela derrubada do veto, mas no Senado foram apenas 39, mantendo assim o veto presidencial.

A propaganda partidária na TV e no rádio foi extinta em 2017. Eram propagandas veiculadas semestralmente pelos partidos, fora do período eleitoral. De acordo com parlamentares favoráveis ao veto, a medida custaria R$ 460 milhões por ano aos cofres públicos.

Partidos como o Novo, autor do destaque, Podemos e Rede se posicionaram a favor do veto. Já os partidos maiores, muitos do chamado “centrão”, foram derrotados.

O destaque seguinte propunha a manutenção do veto sobre o uso do fundo eleitoral para pagamento de multas eleitorais. Além disso, o destaque, apresentado pela Rede, também defendia a manutenção de outro veto presidencial – o que impedia mudanças nas condições de inelegibilidade, no contexto da Lei da Ficha Limpa.

Vários partidos então – como PT, PL, PSD, Republicanos, PSDB, PSB, PDT, DEM, Solidariedade e PCdoB – obstruíram a votação, obrigando o presidente do Congresso, senador Davi Alcolumbre, a encerrar a sessão. (Da Agência Brasil)

O Tribunal Superior Eleitoral (TSE) decidiu hoje (3) reconhecer assinaturas eletrônicas para formalizar a criação de partidos políticos. A decisão pode ter impacto na criação no Aliança pelo Brasil, novo partido do presidente Jair Bolsonaro, que pretende agilizar o processo de obtenção de registro do partido por meio de certificados digitais. 

Apesar da decisão, não há prazo para que a Justiça Eleitoral possa criar aplicativos e programas de computador para efetivar a decisão, que ainda precisará ser regulamentada para passar a ter validade. Segundo a presidente do TSE, Rosa Weber, as soluções não estarão prontas para as eleições municipais de 2020.

O julgamento foi motivado por uma consulta apresentada no ano passado pelo deputado federal Jerônimo Goergen (PP-RS). O parlamentar pediu que o tribunal responda a seguinte pergunta: “Seria aceita a assinatura eletrônica legalmente válida dos eleitores que apoiem dessa forma a criação de partidos políticos nas listas e/ou fichas expedidas pela Justiça Eleitoral?”

Novos partidos
Para a criação de partidos políticos, um dos requisitos exigidos é a apresentação de fichas de apoiamento de eleitores, cuja autenticidade das assinaturas em papel é feita pela Justiça Eleitoral.

Por 4 votos a 3, o tribunal seguiu voto do ministro Luís Felipe Salomão. Segundo o ministro, o setor técnico do tribunal informou que há viabilidade técnica para desenvolver os aplicativos necessários para implementar a medida. Salomão também afirmou que o uso da assinatura digital trará mais segurança na conferência, que é feita manualmente pela Justiça Eleitoral. O voto foi acompanhado pelos ministros Tarcísio Vieira, Sergio Banhos e Luís Roberto Barroso. 

“No cenário jurídico inexiste óbice à certificação digital de assinaturas. A adoção dessa sistemática é viável”, disse Salomão. 

 Barroso também votou a favor das assinaturas eletrônicas, mas ponderou que a efetivação da medida depende de regulamentação pelo TSE e do desenvolvimento dos aplicativos e sites, que ainda não tem prazo para ocorrer.

“Vai que a gente não consegue desenvolver essa ferramenta? disse Barroso. 

O relator do caso, ministro Og Fernandes, ficou vencido por entender que o apoio por meio eletrônico não pode ser aceito por não estar previsto em lei ou nas regras do TSE. Edson Fachin e a presidente, Rosa Weber, acompanharam o relator.

Rosa Weber disse que o tribunal não tem recursos para verificar a autenticidade das assinaturas que serão entregues pelos partidos. (Da Agência Brasil)

I’m unclear on why the word STOMP in Google images provides tons of pictures as awesome as whatever is going on above. However, if you’re going to go jumping through the air with trashcan lid shields, I’m going to find a way to circulate it. I think this may contribute to the short halflife of my friends on the Fakebook thing.

What was I talking about? How about a way to look at things under a microscope and then BOOM crosslink them while you’re looking at them? Cooler than trashcan lid dance fighting? Yo, I’m not even done. What if your microscope was smart enough that it went around and found the things you wanted to look at and then crosslinked them itself and then emailed you when it was done?

Science fiction?

Nope. You can read about it here!

First off — STOMP isn’t new. If you had 48 straight hours to spend behind the lenses of a microscope in a dark room and you could code patches in multiple languages — oh — and could synthesize your own special crosslinker — you could totally STOMP.

Since that is stupid on 14 levels, let’s forget the first thing ever existed and just call this one STOMP.

This is how it works —

What do you need for STOMP now?

A commercial crosslinker.
A commercial microscope
A commercial image processing software
Okay — you still need a couple of patches, but it’s all in the same language (Python) and it’s easy enough that I could set it up. (It’s all set up in a step-by-step walkthough here).

What do you get out of it? Just a way to crosslink (AND ENRICH — the crosslinker has biotin on it, that’s what it’s for, I think) what you’re looking at under a microscope!!!

“That looks cool! What is it?” BOOM! Pull it down, digest it and figure it out.

That’s neat, but what could you actually use it for? These authors use it for HOST-PATHOGEN INTERACTIONS!!  Yo, where my malaria people at?!?!  How awesome would it be to look at the interface between Plasmodium and the red blood cell wall? What’s the PFEMP1 really doing? The authors point out you could obviously use it for more than host pathogen stuff, but if I was gonna write a grant on this stuff….maybe I should delete this and start writing a grant instead….

Olha o que a SerTão TV está preparando, e em breve você irá acompanhar na telinha da primeira TV da Região Centro, no Programa Registros do SerTão. Vamos contar um pouco da história do benfeitor Dom Adélio Tomasin. Fique ligado!