CV redobra aten��o e aumenta os armamentos da Penha

Segundo informa��es, as amea�as de invas�o dos traficantes da Cidade Alta (TCP) para dentro do Complexo da Penha, n�o caiu bem para hierarquia e redobraram aten��o.

Os traficantes da Penha est�o ca�ando informantes do TCP que, estariam passando informa��es para os bandidos que pularam da Penha para o Terceiro Comando Puro. Dois seguran�as do Doca foram levados para o tribunal, com suspeitas de ter liga��es com um cria da Penha que pulou pra Cidade Alta.

Al�m da ca�a aos X9, ordenaram que os fuzis da pista aumentassem nas comunidades da Penha.

At� armamento dos calibres .30 e .50, forma vistos rondando as comunidades do Complexo.

Seria uma forma de mostrar para o TCP que est�o atentos a qualquer movimento dentro do quartel general da maior fac��o do Rio de Janeiro.

Vamos aguardar.

Com papo de invas�o o TCP come�a a abandonar aos poucos o B13

Segundo informa��es, a lideran�a do Complexo do Chapad�o (CV) se uniu empenhada a expandir os territ�rios da fac��o em Barros Filho, na zona norte do Rio de Janeiro.

Ficaram cientes que Barros Filho n�o � igual antigamente, na gest�o da fac��o Amigos dos Amigos (ADA). Um territ�rio repleto de fuzis e com seguran�a de todos os lados.

Ap�s a invas�o bem sucedida no Morro da Pedreira em Costa Barros, os traficantes do Comando Vermelho notaram que o poder de fogo do TCP daquela regi�o n�o � t�o forte, para aguentar muitos dias sem interfer�ncia.

A retomada do Morro do Chaves em Barros Filho foi a prova final que a fac��o consegue retomar o bairro inteiro.

Para piorar para a fac��o TCP, a morte do Suel em Japeri, o principal l�der do B13, apenas desanimou muitos bandidos da sua quadrilha.

As bocas de fumo instaladas no Bairro 13, est�o enfraquecidas e com pouco movimento, perdendo para as bocas do Morro do Chaves (CV).

Pra acabar com um dos bra�os financeiros do TCP naquela regi�o, a lideran�a do Chapad�o, ordenou que os soldados do Chaves, tirassem plant�o na Avenida Brasil, para pegar qualquer tentativa de roubos de carga dos rivais.

A hierarquia do TCP que tem experi�ncia em guerras, optaram por sair de Barros Filho, e ficam para os lados do Parque Columbia, Final Feliz e Mar�.

Para colocar medo no TCP, os traficantes do Chapad�o est�o trocando plant�o com os comparsas do Chaves.

Os frentes e donos do CV daquela regi�o avisou para os subordinados que, qualquer vacilo dentro da boca, ser� executado sem explica��o. At� um erro de conta no fechamentos dos lucros.

Dizem que ex-frente da Proen�a Rosa, o Matarindo, caiu porque estava errando nas contas das bocas de fumo da comunidade.

Vamos aguardar os pr�ximos dias.

NanoPore Proteomics — Is it closer than we thought to replacing LCMS???

I had the distinct pleasure much earlier in my career in becoming a grandmaster in microarray technology — right after everyone (except — maybe the NCI) had realized the technology was massively inferior to the newly emerging “next gen” sequencing technologies.

I’ll still stand by my QC pipeline for tens of thousands of microarrays by really unsophisticated statistics (powered by huge n!) even if it has, to date, been cited once, possibly making it the highest $$$ per citation in human history.

I love mass spectrometry. LOVE it. And about 18 months ago we saw the first data that conclusively proved that shotgun proteomics could compete head to head with the original “next gen” genomics/transcriptomics technology — RNA-Seq.

However, if you weren’t aware RNA-Seq is starting to fall by the way-side. It’s not going to go away anytime soon, but the writing is on the wall that recent improvements in “long read technologies” will soon replace them. PacBio long read sequencing data (which I will read into proteomics data with zeal over anything from an Illumina platform!! The reading frames are soooo long!! Check it out!) is great, but the big thing — maybe the biggest thing of the future is a humble little thing called the NanoPore.

If you haven’t seen it, I bet you will soon.

No joke — that’s it. You can sequence DNA with that thing. On the far right of it? That is a standard USB port. It uses the power of a USB port to sequence DNA/RNA. And — it is the future of genomics.

However — could it be the next step in Proteomics???

These authors seem to think so — and the argument is compelling!

Now — this idea has been kicked around for a while and I think the conclusion is “yeah — this is totally going to happen, but maybe 10-20? years from now?”  Sitting here after reading this? I’d move that timeline up.

LCMS (which the authors refer to as BU-MS, for Bottom Up Mass Spectrometry) has a lot of weaknesses. We’re improving them, but the outside world is getting very tired of them and, to be honest, I’m starting to think we’ll never fix them.

LCMS Shotgun proteomics people will not:
1) Use the same extraction digestion methods
2) Use the same instrument parameters
3) Use the same data processing methods

And there are good reasons for these and we have lots of usefulness in solving little studies, but — in the end — this isn’t going to be good enough for the rest of the world and they’re looking for a way to replace the whole way we do things.

While I’m having my feverish rant for the 1-4 hours I’ll be awake today according to this week’s trend, the replacement for proteomics is NOT SomaScan. We don’t need a GWAS for proteomics. We already have a couple. They’re called “SWATH” and “MS-e”.

However — this is worth looking at. Or at least being prepared for!

Chefes do TCP pagam quantia milion�ria por comunidade em Nova Igua�u

Parece que os traficantes do Terceiro Comando Puro est�o com os olhos voltados para as comunidades em Nova Igua�u, na Baixada Fluminense.

Segundo informa��es, as lideran�as de Vig�rio Geral e Parada de Lucas, negociaram por uma valor milion�rio a comunidade da Estrada de Madureira, em Nova Igua�u.

A comunidade tinha os neg�cios ilegais controlados pelo Miliciano conhecido como Tandera.

Pela proximidade com outros territ�rios do TCP na cidade, o grupo para-militar decidiu negociar pelo valor de 500 mil, em troca de um acordo de paz na regi�o.

Lembrando que historicamente, as comunidades em Nova Igua�u estava sendo disputada a ferro e fogo contra a fac��o do Comando Vermelho.

Do nada, aproveitando o bate cabe�a dos dois grupos, o TCP come�ou aparecer na regi�o.

Pelo que parece, a disputa de expans�o esta sendo forte entre as fac��es. Procurando territ�rio pr�ximos de grandes estradas e vias, longe do foco da capital.

Vamos aguardar.

Carro tenta sair do cerco no Chapad�o e foi alvejado – V�deo

Nesta sexta-feira os policiais militares e civis, realizaram um cerco no Chapad�o (CV) para realizar mandados de pris�o.

Uma opera��o convencional, mas chamou aten��o um v�deo publicado nas redes sociais, do exato momento que o carro foi alvejado pelos policiais daquele momento.

No carro tinha 4 traficantes tentando fugir da opera��o no Chapad�o.

Rota de Fuga  

Naquela regi�o da Pavuna, Guadalupe e Costa Barros, o local de fuga dos traficantes do Complexo do Chapad�o, normalmente s�o para as comunidades em Guadalupe, Barros Filho e Hon�rio Gurgel.
Atualmente o Chapad�o da assist�ncia para o tr�fico no Chaves, Proen�a Rosa, Mundial e Palmeirinha.

Civil e PM sufocam o CV dentro do Chapad�o

Nesta sexta-feira os setores da policia militar e civil, est�o realizando uma opera��o dentro do conjunto de comunidades do Chapad�o (CV), na Pavuna, zona norte do Rio de Janeiro.

A civil em conjunto com o 41� bpm (Iraj�) iniciaram a opera��o visando cumprir mandados de pris�o contra traficantes e assaltantes de cargas na regi�o.

At� o momento da publica��o, foram encontrado pistolas, granas e radinhos.

Chapad�o refor�ando comunidades

Mesmo fora do foco como antigamente, atualmente o tr�fico dentro do Chapad�o vem dando um suporte para os comparsas em Barros Filho e Hon�rio Gurgel.
Enviaram refor�os para os Morros do Chaves e Proen�a Rosa, Mundial, por conta da amea�a do Terceiro Comando Puro do Bairro 13, ap�s a execu��o do Matarindo, o bandido que ocupava o cargo de ger�ncia na Proen�a.

TCP tenta tomar territ�rio do CV em Nova Igua�u

Nesta quinta-feira aconteceu um tiroteio entre as fac��es do Comando Vermelho e Terceiro Comando Puro na comunidade do Danon, em Nova Igua�u.

Segundo informa��es, o TCP da Parada de Lucas tentou expulsar o CV do rec�m conquistado Danon, comunidade que estava dominada pela Mil�cia h� pouco tempo.

At� o momento, foi divulgado que 2 traficantes do TCP morreram na hora do confronto.

Seria mais uma tentativa da Parada de Lucas para atingir a ala do CV do Complexo da Penha, mas n�o deu muito certo.

O TCP partiu da Torre em Queimados.

7,500 proteomic runs on ONE column — the final nail in the coffin of NanoFlow?

I was just writing something about how the blog was on hiatus and it occurred to me that I didn’t actually have to do a good job of summarizing every paper that I read. I could just put it here and suggest you read it because it’s aweome! (…brain fatigue…and maybe a high fever…)

Someone (I forget who — and don’t worry — I’m not going to look it up and blame you) had the great idea of superconcentrating peptides and ionizing them with nanoliters of solvent per minute by electrospray ionization. This was invented for something called the LCQ or QTrap system. Young people, if you’ve never heard of these, don’t worry — they are terrible. Imagine 1 scan per second with 800ppm mass accuracy. Then forget I ever mentioned either.

Even worse? The sensitivity! It’s TERRIBLE on those things. The solution? The nanoflow thing above.

And what happened next was amazing — mass specs got NOT TERRIBLE! Heck, they got good, and then great! Accuracy and speed and sensitivity.

You know what didn’t change, though? The stupid, complicated, NanoLC stuff! The instruments are hundreds (thousands?) of times more sensitive and we’re still doing dumb and poorly reproducible stuff with our chromatography.

Is this the paper that finally ends it? 

Probably not — cause — HPLC systems are expensive, but I hope this will make you consider NOT buying a nanoLC with your next mass spec.

Summary?

11,000 proteins
11 samples (with TMT)
16 hours of run time on average
And a microflow (1mm x 15cm) column that shows NO decrease in performance over 7,500 runs.

My record for a nanoflow column is 6 weeks — with a trap — before the chromatography got all wonky. What’s yours? I bet it isn’t 7,500 runs!

Cv desiste do Jorge Turco pra refor�ar o Chaves

Segundo informa��es, h� 2 dias o Terceiro Comando Puro vem sofrendo para ficar no Morro do Jorge Turco em Coelho Neto, na zona norte do Rio de Janeiro.

Mesmo em grande n�mero e com bastante fuzis, est�o enfrentando uma resist�ncia da policia e os moradores relatam confrontos de dia e noite.

Mas cad� o Comando Vermelho que n�o vai tentar retomar?

Seguinte, segundo informa��es, com a execu��o do Mata Rindo da Proen�a Rosa, e os crias rebelados com toda hierarquia, os traficantes do CV que ficavam no Jorge Turco, desceram para refor�ar o Morro do Chaves e Proen�a.

At� algumas lideran�as do Chapad�o, requisitou que refor�assem as comunidades de Barros Filho e Hon�rio Gurgel, para n�o tomar bola.

Porque segundo informantes, atualmente o Morro do Chaves na gest�o do Comando Vermelho, esta auferindo mais lucros que o Bairro 13, liderado pelo Terceiro Comando Puro.

Por essa raz�o, o TCP de Barros Filho tenta retomar o Chaves, e semanalmente um fica largando tiro para o outro de longe, colocando em risco a vida dos moradores.

Dizem que o bonde do Mdo esta investindo no Jorge Turco junto com a Pedreira, porque sabem que � qualquer momento podem perder o Bairro 13 para o CV.

Perdendo a melhor comunidade deles no bairro de Barros Filho, as comunidades da Joana D’arc e Eternit v�o de brinde para quem ganhar a guerra.

Pelo que deu pra entender, no momento, ficar no Jorge Turco n�o � o foco dos traficantes do Comando Vermelho, por conta da lucratividade e da posi��o da comunidade.

Vamos aguardar.

Happy New Year! The blog will be back sometime soon!

Happy 2020!

The blog is currently on hiatus. Conor (@SpecInformatics) and I submitted something along the lines of 14 different papers in 2019 and at this point, 4? maybe 6? have been accepted.

I’ve been buried under reviewer comments, resubmissions, snarky comments and general fatigue for most of the year, which — to be honest — hasn’t been really good for this blog.

This blog is supposed to be an homage to YOUR work and YOUR successes when YOU’ve made proteomics better and faster and more impactful for medicine and biology (and dozens of other fields where I{or almost anyone else, except you} would never have considered that something as fundamental as precise estimation of monoisotopic mass would make a difference and YOU showed it could and would).

Now that I’m doing this all day, every day and trying to compete with you (geez…ya’ll are good at this stuff), the blog seems to fall by the wayside at the end of each day in lieu of making pretty R plots and uploading stuff to ProteomeXchange partner repositories.

It isn’t going away and this isn’t even the longest hiatus I’ve had in the years I’ve been typing in this weird orange box, but I need to catch up on some stuff before I can dedicate the suprising amount of time this odd hobby takes.

I’m also currently in Central America and have had flu like symptoms for several days and — well — I’d be lying if I said I was 100% sure that I knew what I was typing right now, but I have this vague impression I’m supposed to make a joke about drinking Bailey’s out of a shoe.

Anyway, Happy New Year! And thanks for filling my days with amazing stuff to read about!!!

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